動物提取物的定性鑒別對于傳統檢測方法來說是比較困難的，以動物膠類藥材為例，在通過動物皮類熬制過程中，膠原蛋白會分解為更小的肽類，難以鑒別，所以摻假現象普遍。用紅外光譜及其二維光譜可以直觀地對不同膠類進行定性鑒別，還可用于鑒別某種膠的真偽。下圖是不同動物膠類的紅外原始光譜。

     對于中草藥提取物的FTIR傅里葉紅外光譜儀定性鑒別應用非常多，例如成分分析、產地鑒別、判斷真偽、非法添加檢測等等，應用很普及。FTIR的定量分析方法也給行業帶來了很多便利，很多中藥提取物因生產工藝和儲存條件的要求，需在生產過程中添加一定量的麥芽糊精。例如用FTIR快速檢測葛根提取物混合粉末中麥芽糊精含量，可使企業有效把握提取物質量，也可幫助市場監管部門有效地監督提取物市場以次充好的混亂現象。下圖所示就是葛根粉和麥芽糊精的紅外光譜，以及麥芽糊精的定量標準曲線，精度很高。

    還通過紅外液體池透射法，定量測定青蒿素和磷酸萘酚奎抗瘧復方制劑中青蒿素的含量，從而考察復方的穩定性，建立了簡便、回收率高且精密度好的質控方法。